Transversale

Transversale

La composante « transversale » développera deux pôles : l’un dans le domaine de la collecte et le traitement d’images des habitats marins, l’autre en support informatique pour la gestion des bases de données du LMI en respectant les principes de l’Open Science et du FAIR Data Management.

Concernant les habitats, des images sous-marines (GoPro) et aériennes (drones) seront collectées sur les sites d’intérêt pour le LMI en utilisant des GPS haute précision. Ce protocole basé sur un géoréférencement très précis permettra une cartographie de la répartition des habitats côtiers peu profonds, une description de la complexité structurale de ces habitats par photogrammétrie, et enfin une reconnaissance automatisée des types d’habitats et espèces par Deep Learning.

Concernant le pôle informatique qui sera basé à l’IH.SM, il aura pour but de gérer de manière efficace et pérenne les bases de données pour l’ensemble du LMI.

Des outils seront ainsi développés ou adaptés, puis mis en œuvre afin que les données générées soient structurées, archivées et sauvegardées, et pour certaines, valorisées dans des bases de données internationales. Les capacités seront renforcées afin d’assurer une construction et utilisation efficace des bases de données qui seront gérées sur des serveurs de données en accès restreint aux collaborateurs locaux physiquement présents à Madagascar. Pour des documents de type Excel ou autre, un protocole de « versioning » des documents sera proposé à tous les membres du LMI afin d’assurer la traçabilité et la pérennité des informations. La diffusion des données sera effectuée en utilisant différent outils qui permettront d’associer des métadonnées. Parmi ces outils, on peut citer les bases OBIS et GBIF qui seront choisies pour les données de collections, la bibliothèque de barcodes ADN BOLD pour les données de barcoding, les outils comme Zenodo pour les publications associant des jeux de données afin qu’une preuve de propriété soit associée à l’éventuelle réutilisation des données.

Un portail international de type « SEANOE » sera utilisé afin de publier les fiches de métadonnées associées aux jeux de données. Dans la mesure du possible, des « datapapers » seront produits afin de publier rapidement les jeux de données acquis dans le cadre du LMI. Cette politique de publication rapide sur les données, sans même attendre la publication scientifique, permettra de vérifier que toutes les personnes concernées sont bien associées et que le contexte est bien retranscrit.

Par ailleurs, la composante transversale apportera une aide pour :

  • la diffusion des outils numériques innovants qui seront développés dans le cadre de ce LMI comme les outils d’aide à l’identification des organismes, les outils de saisie de données de pêche via smartphones, les outils web de restitution de l’information, etc.
  • que soient respectés les l’accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation (APA) relatif à la Convention sur la diversité biologique adopté à Nagoya.

Membres composante Transverse

FIAT Sylvie

IRD - UMR ENTROPIE ...
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BARDE Julien

IRd - UMR MARBEC https://orcid.org/0000-0002-3519-6141 ...
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